Mineralen in het leidingwater kunnen het reinigingsproces verstoren en afzettingen op de instrumenten en in het toestel veroorzaken. Miele thermodesinfectoren zijn af fabriek voorzien van een waterontharder, die ionen die voor hardheid zorgen verregaand uit het leidingwater verwijdert. Bij zeer hard leidingwater en in praktijken met veel instrumenten kan een aanvullende, volledige demineralisatie van het water de moeite waard zijn.